La più estrema delle BMW Alpina preparate su base BMW Serie-3 E30 fu la B6 3.5S, che derivava dalla M3. Dal novebre 1987 al dicembre 1990 ne furono prodotti 61 esemplari. La B6 3.5S aveva un motore 6 cilindri in linea tipo B10/5-6 da 3430cc, con una potenza di 254 cavalli. La velocità massima era di oltre 250 km/h e l'accelerazione da 0 a 100km/h in 6 secondi e 6 decimi.