Après le succès du premier modèle, la deuxième génération de Skoda Fabia a été présentée en mai 2007. La ligne se caractérisait par des formes arrondies. La version break (Combi) a été ajoutée à la gamme en janvier 2008. Un restylage a été effectué en avril 2010. Reprenant des éléments techniques de l'ancienne production Volkswagen, la Fabia 2 n'était certes pas une voiture sophistiquée, mais c'était celle qui offrait probablement le meilleur rapport qualité-prix. Les moteurs étaient très variés et allaient de la petite unité essence de 69 chevaux de 1200 cm3 à la puissante unité 180 qui équipait la RS. La Fabia 2 est sortie de la production en 2014.