Beaucoup plus particulière que la berline, qui était déjà originale, la version Sport de la Lancia Flavia a été produite de 1962 à 1964. Les lignes ont été dessinées par Zagato. Aérodynamique, la Flavia Sport était une 2+2 et se caractérisait esthétiquement par la calandre pliée horizontalement, le pare-brise arrière concave et les fenêtres arrière qui montent jusqu'au toit. 98 exemplaires ont été construits avec un moteur boxer de 1500cc, tandis que 629 exemplaires ont été produits avec un 1800cc à carburateur ou à injection. La voiture a également été utilisée en compétition par l'équipe officielle, ce qui en a fait une base expérimentale.