Dès son arrivée à Sant'Agata Bolognese, l'ingénieur Giulio Alfieri n'a cessé de travailler sur les mises à jour de la Countach. La 5000S de 1982 représentait une heureuse synthèse de plusieurs années de recherche. La cylindrée de la nouvelle version passe de 4 à 4,7 litres, atteignant une puissance considérable pour l'époque : 375 chevaux à 7000 tr/min. Grâce à la 5000S, les ventes de la Countach reprennent de la vigueur, passant de 55 exemplaires en 1979 à 108 en 1982 puis 255 en 1985. La 5000S sort de production en 1985 pour laisser place à la LP5000 Quattrovalvole, encore plus performante. Le 23 avril 1987, Chrysler fait l'acquisition officielle de Lamborghini. En octobre 1988, une édition spéciale de la Countach est présentée pour célébrer le 25e anniversaire de la voiture. L'esthétique a été retouchée par le styliste Lamborghini Horacio Pagani, devenu constructeur indépendant en 1999. Assez critiquée pour le manque d'équilibre dans ces interventions esthétiques, la Countach 25 a également reçu un système de climatisation et des sièges électriquement réglables. Le moteur était un V12 de 5167cc qui produisait 455 chevaux. La 25 sera produite jusqu'en avril 1990.