L'équipe Ligier reste propriété française toute la première partie de 1996, après l'échec de Tom Walkinshaw dans ses opérations de reprise, également contré par le gouvernement français, qui soutient Guy Ligier. La même année, Ligier vendra les parts restantes (15%) à Flavio Briatore. La voiture de 1996, la JS43 avec moteur Mugen, est présentée fin janvier. Elle dérivait de la JS41 de 95 avec quelques modifications aérodynamiques et de suspensions. Panis et Diniz étaient les pilotes de Ligier pour 1996. C'est à Monte Carlo que Panis remporte une audacieuse victoire, la première pour Ligier en 15 ans et la première (et seule) en Formule 1 pour le pilote. Ligier terminera sixième du championnat des constructeurs avec seulement 15 points. Panis, quant à lui,terminera neuvième et Diniz quinzième, avec deux sixièmes places (Espagne et Italie) comme meilleurs résultats.