Dal momento del suo arrivo a Sant'Agata Bolognese, l'ingegner Giulio Alfieri non cessò di lavorare agli aggiornamenti della Countach. La 5000S del 1982 rappresentò una felice sintesi di diversi anni di ricerca. La cilindrata della nuova versione passava da 4 a 4,7 litri, raggiungendo una potenza ragguardevole per l'epoca: 375 cavalli a 7000 giri. Grazie alla 5000S, le vendite della Countach ripresero vigore, passando dalle 55 unità del 1979 alle 108 del 1982 e alle 255 del 1985. La 5000S uscì di produzione nel 1985 per lasciare il posto alla LP5000 Quattrovalvole, ancora più prestazionale. Il 23 aprile del 1987 Chrysler fece l'acquisizione ufficiale della Lamborghini. Nell'ottobre del 1988 venne presentata un'edizione speciale della Countach che celebrava il venticinquesimo anniversario della vettura. L'estetica venne ritoccata dallo stilista della Lamborghini, Horacio Pagani, che nel 1999 divenne costruttore indipendente. Abbastanza criticata per la mancanza di equilibrio in questi interventi estetici, la Countach 25 riceveva oltretutto un impianto di condizionamento d'aria e dei sedili regolabili elettricamente. Il motore era il V12 da 5167cc che erogava 455 cavalli. La 25 fu prodotta fino all'aprile 1990.