Presentata al Salone di Ginevra nel marzo del 2002, la seconda generazione della CLK Coupé (serie C209) fu una vettura molto apprezzata per la purezza delle linee e per i contenuti tecnici. La gamma delle versioni era molto ampia, con motori a 4, 5, 6 e 8 cilindri, benzina o turbodiesel. La versione standard più potente fu la CLK500 con motore V8 da 388 cavalli. Alla gamma si aggiunsero anche delle versioni AMG, con motori V8 dalla potenza massima di 481cv. Nel 2005 la gamma C209 fu oggetto di un restyling e la vettura uscì di produzione nel 2010, quando venne lanciata la Classe E Coupé.