Il passaggio di Valentino Rossi dalla Honda alla Yamaha è la notizia della MotoGP nell’inverno 2003-2004. “The Doctor” non ci mette molto ad abituarsi alla nuova realtà e nel 2004 sbaraglia ancora la concorrenza vincendo 9 delle 16 gare in calendario. Conclude primo in classifica con 304, precedendo Sete Gibernau (Honda, 257) e Max Biaggi (Honda, 217).