Il team Ligier restò di proprietà francese per la prima parte del 1996, dopo che Tom Walkinshaw non riuscì nelle operazioni di acquisizione, contrastato anche dal governo francese, che appoggiava Guy Ligier. In realtà Ligier cedette poi nel corso del 1996 le quote che gli rimanevano (15%) a Flavio Briatore. La vettura per il 1996, la JS43 motorizzata Mugen, fu presentata alla fine di gennaio. Essa derivava dalla JS41 del '95, anche se presentava modifice aerodinamiche e alle sospensioni. Panis e Diniz furono i piloti Ligier per il 1996. Fu a Monte Carlo che Panis ottenne una rocambolesca vittoria, la prima per la Ligier dopo 15 anni e la prima (e unica) in Formula 1 per lui. La Ligier si classificò al sesto posto nel campionato costruttori con appena 15 punti. Panis fu nono, Diniz quindicesimo, con due sesti posti (Spagna e Italia) come migliori risultati.