Molto più particolare della berlina, che già era originale, la versione Sport della Lancia Flavia fu prodotta dal 1962 al 1964. Le linee erano disegnate da Zagato: aerodinamica, la Flavia Sport era una 2+2 e si caratterizzava esteticamente per la calandra piegata in orizzontale, lunotto concavo e finestrini posteriori che salivano sul tetto. Con il motore boxer da 1500cc vennero costruite 98 unità; 629 esemplari furono invece prodotti con il 1800cc a carburatori o a iniezione. La vettura venne impiegata anche in competizione dal team ufficiale, che ne fece una base sperimentale.